يهدف هذا المشروع إلى حصر المخطوطات العربية الإسلامية بالاستناد على الفهارس المطبوعة والمخطوطة للمكتبات العامة والخاصة. وقد اعتمدت المؤسسة في تحقيق هذا العمل على ما توصلت بعد جهد إلى جمعه من الفهارس والمصادر والدراسات المختصة التي بلغت ما يزيد على ألْفَي فهرس ودراسة ومرجع، ولا تتاح كلّها للباحثين، فقامت بتفريغها وترتيبها حسب الفنون.
وبفضل هذا الاستقصاء الواسع أصبح التعريف بالمخطوط الواحد وبنسخه الموجودة في كل المكتبات أكثر شمولاً من ذي قبل، وكشف هذا العمل عن نسخ لم تكن معرفتها متاحة، لندرة الفهارس التي ذكرَتْها ولعدم انتشارها.
وقد صدرت أجزاء هذه الفهارس ضمن خطة منهج واضح ، تذكر المخطوطات في الفن الواحد مرتبة على الحروف، مقترنة بذكر المؤلف وزمنه. ثم ترتب النسخ المخطوطة من الكتاب حسب أقدميتها وعلاقتها بالنسخة الأم، فما يليها في التاريخ الذي سجله الناسخ، وذِكْر المكتبة التي تشتمل عليه، مع رقم الكتاب فيها، ثم المصدر الذي أشار للمخطوط، وهو فهرس في الغالب الأكثر.
وقد أصدرت المؤسسة دليلاً وملحقين بما تجمع لديها من الفهارس والدراسات والمراجع التي اتخذتها مستند مشروعها الكبير هذا، بلغ عدد ما تضمنته من فهارس 1506 فهرساً، و124 دراسة، و 56 مرجعاً.
وتجمِّع بعد هذا نحو 600 فهرس ودراسة ومرجع، يصدر فيها دليلٌ جديد، وبهذا تكون هذه المجموعة من أكبر المجموعات من نوعها يجمعها مكان واحد، وقد كتبت بنحو 17 لغة.
والتعريف بالفهارس الشاملة للتراث العربي الإسلامي المخطوط، مرتبة حسبما أصدرتها المؤسسة، يردُ في قائمة المطبوعات.